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La capitale Gitega si trova in una posizione piuttosto centrale ed ha preso il posto nel 2019 dell'unica grande città del Paese, Bujumbura, più decentrata ad ovest, sulle sponde del grande Lago Tanganica; il territorio è in prevalenza montuoso, con cime che arrivano al massimo poco oltre i 2.500 metri d'altezza.
Nel 2025 il numero delle province è stato ridotto da 18 a 5, Buhumuza, Bujumbura, Burunga, Butanyerera e Gitega, con quella dell'ex-capitale che è la più popolata, con oltre 3 milioni di abitanti.
Al censimento del 2008 erano presenti solamente 10 centri abitati con almeno 10.000 abitanti ed un'unica grande città, l'allora capitale Bujumbura; gli insediamenti principali sono situati principalmente nella zona nord-occidentale del Paese.