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A causa della conformazione e morfologia del territorio, con gli unici veri rilievi posti nella parte nord-occidentale della Puglia, si possono distinguere due aree con la presenza dei corsi d'acqua maggiori, mentre nel resto della regione questi sono brevi e modesti.
Sei dei primi sette fiumi si trovano nella provincia di Foggia, con l'Ofanto un pò più a sud e che coinvolge anche la provincia di Braletta-Andria-Trani; essi nascono vicino al confine oppure, nel caso di quelli più lunghi, in Campania.
Fanno eccezione a questo schema il Bradano, che però scorre quasi completamente nella vicina Basilicata ed i suoi affluenti, che hanno orientamento da nord a sud, a cavallo di Puglia e Basilicata.
| Fiume | Lunghezza | Sorgente | Foce | Province attraversate |
| Ofanto (1) | 170 Km | Torella dei Lombardi | Mar Adriatico | Avellino, Potenza, Foggia, Barletta-Andria-Trani |
| Bradano (2) | 120 Km | Monte Carmine | Mar Ionio | Potenza, Matera, Taranto |
| Cervaro (3) | 105 Km | Monte Le Felci | Mar Adriatico | Avellino, Foggia |
| Carapelle (4) | 98 Km | Monte La Forma | Mar Adriatico | Avellino, Foggia |
| Fortore (5) | 86 Km | Monte Altieri | Mar Adriatico | Benevento, Campobasso, Foggia |
| Candelaro | 70 Km | San Paolo di Civitate | Mar Adriatico | Foggia |
| Celone | 70 Km | Monte San Vito | Candelaro | Foggia |
| Basentello (6) | 58 Km | Palazzo San Gervasio | Bradano | Potenza, Barletta-Andria-Trani, Bari |
| Salsola | 55 Km | Monte Montauro | Candelaro | Foggia |
| Gravina (7) | 50 Km | Monte Maricello | Bradano | Bari, Matera |
| Gravina di Matera (8) | 50 Km | Pantano di Matera | Bradano | Matera, Taranto |
| Triolo | 50 Km | Castelnuovo della Daunia | Candelaro | Foggia |
| Vulgano | 50 Km | Monte del Forno | Salsola | Foggia |
(1) Il suo corso si sviluppa fra tre regioni, Campania, Basilicata e Puglia, nelle quali fa spesso da confine naturale sia regionale, che provinciale.
(2) Solamente pochi chilometri verso la fine del suo corso si trovano in Puglia, tutti gli altri sono in Basilicata.
(3) Nasce in Puglia, ma coi successivi chilometri iniziali in Campania, prima di proseguire di nuovo in Puglia.
(4) Il primo breve tratto è in Campania.
(5) La sorgente ed il tratto iniziale si trovano in Campania, poi il suo corso prosegue in Molise e Puglia.
(6) Nella parte iniziale e centrale funge da confine fra Basilicata e Puglia, regione in cui scorre interamente solo per pochi metri dopo la diga di Serra del Corvo.
(7) Il secondo tratto si sviluppa in Basilicata.
(8) L'ultima parte è in Puglia, quelle iniziali e centrali in Basilicata.